1585 war der neue gregorianische Kalender verordnet worden. Zehn Tage wurden einfach nicht gezählt, um die notwendig gewordene Anpassung an den jahreszeitlichen Ablauf und die dazugehörigen kirchlichen Feiertage zu vollziehen. Das einfache bäuerliche Volk verstand den Sinn dieser Datumskorrektur nicht recht und deutete sie als Zeichen kommenden Unheils. Angesichts der verwirrenden politischen und religiösen Verhältnisse im Land waren solche Ahnungen durchaus berechtigt. Auf dem Buchberg war über obrigkeitliche Anordnung im Rahmen eines landesweiten Vorwarnsystems immer ein aufgeschichteter Scheiterhaufen bereit, um ihn im Fall einer herannahenden Gefahr als Kreidfeuer zu entzünden und Land und Leute rechtzeitig zu warnen.
Zwar hatten die kaiserlichen Truppen 1594 die Festung Raab in Ungarn von den Türken zurückerobert, was überall im Land große Erleichterung auslöste, doch im Herbst 1604 erhob sich der Fürst von Siebenbürgen, Stephan Bocskay, unter dem Eindruck der schleppenden Friedensverhandlungen mit den Türken und fiel mit seinen gefürchteten Heyduken im Sommer 1605 im Weinviertel ein. Von seinem Streifzug war Mailberg genauso betroffen wie etwas später von den Unruhen in Böhmen nach dem Bruderzwist im Haus Habsburg, der 1608 mit dem Verzicht Rudolfs II. endete.
Damals versprachen sich viele eine bessere Zukunft, wenn sie das Kriegshandwerk ausübten. Auch aus dem Bauernstand gingen manche unter die Soldaten. So kam es, daß von den 74 Häusern, die Mailberg 1609 zählte, bereits 17 keinen Besitzer mehr hatten, da dieselben von den Soldaten fort mitgenommen worden waren. Andererseits gab es im Ort wieder einigen Aufschwung. Die Bautätigkeiten des Komturs Tettauer mit dem Ziel, das frühere klosterähnliche Ordenshaus nun zu einem Schloß umzugestalten, brachten Leben in den Markt.
Tettauer reagierte auch auf die Tatsache, daß es nun in Mailberg keine Ordenspriester mehr gab, die in ihrem Konvent bis ins 16. Jh. eine Schule betrieben hatten, in welcher auch von den Geistlichen geförderte begabte Buben aus dem Volk ausgebildet worden waren. Eine allgemeine Schulbildung gab es natürlich noch nicht. Um so bemerkenswerter ist es, daß der Komtur 1603 den Bau eines Schulhauses im Markt anordnete. Es war nur klein und bestand im wesentlichen aus einer großen Stube, die als Unterrichtsraum und gleichzeitig dem ludi magister, dem Lehrer, als Wohnzimmer diente. Für Landgemeinden war damals die Einrichtung einer Schule etwas Ungewöhnliches, man findet sie in dieser Zeit in der Regel nur in Städten.
Wie schon erwähnt, ließ Tettauers Nachfolger, Komtur Sternberg, um 1610 auch das Gasthaus auf dem Platz neu erbauen. Dies ist ein Beweis dafür, daß Mailberg damals ein belebter Markt war, denn wäre es nicht einträglich gewesen, hätte die Kommende wohl auf einen Neubau verzichtet. Das Wirtshaus gehörte seit urdenklichen Zeiten, wie einmal vermerkt wird, zur Hälfte der Herrschaft und zur anderen dem Markt und wurde von einem Bestandinhaber, also Pächter geführt. Nach dem Schankrecht durfte die Herrschaft von Georgi bis Michaeli, die Gemeinde von Michaeli bis Georgi Leutgeben, also ausschenken. Die Tatz und das Zapfenmaß gehörte der Herrschaft, das Ungeld mußte an die Burgherrschaft Laa abgeliefert werden.
In dieser Zeit muß das Bergkirchlein St. Kunigunde erweitert worden sein. Der Grund könnte die Baufälligkeit der Schloßkirche und der Mangel an Ordenspriestern gewesen sein. Wenn nun hier auf dem Friedhofberg die Gottesdienste, zumindest für die Dauer des Wiederaufbaues der Pfarrkirche, für die Gemeinde abgehalten werden mußten, war das alte gotische Kirchlein zu klein, um alle Besucher fassen zu können. Der Umbau erfolgte ohne großen künstlerischen Anspruch. Man riß die südliche Außenwand nieder und fügte einen einfachen Hallenraum hinzu. Der gesamte Bau wurde neu überdacht. Auch das charakteristische achteckige Türmchen über dem Mittelpfeiler der Vorderfassade stammt aus dieser Umbauzeit.
An der Südwand ist eine Grabplatte mit der Inschrift eingelassen: Hier ruht Johann Kaspar Salverter hiesiger Ortsbestandmann, in Gott unserem Herrn, starb allhier zu Mailberg den 23. Februar 1675. In meiner Not des Lebens Ort war mir zu Trost das Göttlich Wort; in Angst und Hitz allweil sprach ich Herr Jesu Christ, du bist mein Frist, auf den ich trauen will, auch bauen, ihn wird anschauen in Himmelsauen. Mein Alter war 54 Jahr und war geboren zu Koblenz gar.
Dazu gehören zwei Grabplatten, die außen links und rechts von der Eingangstür angebracht sind. Die eine trägt die Inschrift: Diesen Grabstein hat hieher machen lassen die wohledle gestrenge Frau Anna Regina Salverterin, geborene Widtmannin, ihren Herrn Vettern Heinrich Sink, ledtigen stands von Koblenz, seines Alters 26 Jahr, starb den 10. Dezember 1673. Auf der anderen steht: Diesen Grabstein hat hieher machen lassen die Wohledle gestrenge Frau Anna Regina Salverterin, geborene Widtmannin, ihrer Maihm Dorothea Grielerin, wittib, geborene Widtmannin ihres Alters 74 Jahr, starb den 24. February 1675.
Als 1618 in Böhmen der Krieg ausbrach, ahnte noch niemand, daß er ein Menschenleben lang andauern und ganz Europa ins Elend stürzen würde. Die kaiserfeindlichen Truppen standen 1619 im Land und besetzten monatelang die Stadt Laa. Wahrscheinlich wurde auch Mailberg schon damals in Mitleidenschaft gezogen, auf jeden Fall waren die Auswirkungen dieser Kriegszeit spürbar, wie aus der Begründung für die Erneuerung der Marktrechte durch Kaiser Ferdinand II. hervorgeht. Dort heißt es, daß wegen rasch aufeinanderfolgender Feuersbrünste und schwere und unerträgliche Durchzüge des Kriegsvolkes die Märkte nicht mehr gehalten wurden. Karl Mosch von Moritz, seit 1627 Komtur in Mailberg, hatte an den Kaiser 1629 das Ansuchen gerichtet, das dieser am 18. Dezember bewilligte. Mailberg wurden die bestehenden Märkte beurkundet, damit alle, die solche Jahr- und Wochenmärkte besuchten, frei, sicher und ungeirrt dazu- und davonziehen, feilhaben, kaufen und verkaufen sollen und mögen.
Niemand ahnte damals wohl, daß die Kriegszeiten noch zwei Jahrzehnte, also für damalige Verhältnisse fast noch ein Menschenleben lang, andauern und noch viel Elend bringen würden. Direkt war unsere Gegend im Jahr 1645 durch den Einfall der schwedischen Truppen unter General Torstenson betroffen. Er versetzte der vor allem wirtschaftlich schon angeschlagenen Kommende und damit auch dem Wohlstand des Marktes einen weiteren Stoß, insbesondere wurde der Weinbau durch teilweise Verwüstung der Weingärten und Plünderung der in den Kellern gelagerten Vorräte schwer geschädigt. 1630 und 1635 wütete die Pest in unserer Gegend. Obwohl keine unmittelbaren Aufzeichnungen vorhanden sind, kann man als sicher annehmen, daß auch die Einwohner Mailbergs darunter zu leiden hatten und ihre Zahl abnahm.
Als das Land alte Privilegien nicht mehr anerkannte, konnte Komtur Mosch von Moritz bestehende Steuerforderungen nicht mehr erfüllen. Es ist unklar, ob dieser Konkurs allein aus den Zeitumständen oder aus der schlechten Wirtschaftsführung des Komturs herrührte. Jedenfalls erlegte die Kommende seit 1637 keine Landesabgaben mehr und war 1644 bereits hoch verschuldet. Trotz mehrfacher Mahnungen erfolgten schließlich keine Zahlungen mehr. So exekutierten die Verordneten der nö. Landstände unter dem Komtur Joseph Graf von Rabatta am 30. April 1650 die Herrschaft Mailberg und verpachteten sie gegen eine jährliche Summe von 2.500 Gulden an Wenzel Freiherrn von Hegenmüller. Der Pächter war natürlich nur interessiert, möglichst viel aus der Wirtschaft herauszuholen, für den Ort tat er nichts.
Eine Wende zum Besseren trat ein, als 1658 der Orden wieder den Besitz zurückbekam und Leopold Graf Kollonitsch Komtur wurde. Dieser tatkräftige Mann zahlte schließlich die hohen aufgelaufenen Schulden seines Vorgängers und verglich sich 1661 mit den Landständen. Er erhielt einen Schadlosbrief, der ihn vor künftigen Nachforderungen schützte. Kollonitsch, später Bischof von Neutra und Wr.Neustadt, wurde bei der Türkenbelagerung von Wien 1683 bekannt, als er sich erfolgreich um die Verwundeten und um die Besoldung der Soldaten kümmerte. Er führte damals auch Wiener Kinder aus der bedrohten Stadt und brachte sie bis zum Ende der Gefahr im Schloß Mailberg unter.
Unter Kollonitsch wurden das Pfarrleben wieder normalisiert. Da es nun kaum mehr Ordensgeistliche gab, versahen Weltpriester den Kirchendienst. Früher hatten die Pfarrer immer im Ordenshaus gelebt, lediglich der Vikar für die St. Kunigundenkirche dürfte schon immer in einem Pfarrhof im Ort gewohnt haben. Es war aber im 17. Jh. wiederholt zu Streit zwischen der Schloßverwaltung und der Geistlichkeit gekommen. So ließ Kollonitsch 1660 den Seelsorgern einen eigenen Pfarrhof am Fuß des Schloßhügels erbauen. An der Decke des Empfangszimmers im 1. Stock ist das Wappen von Kollonitsch mit dem Bischofshut über dem Malteserkreuz angebracht. Das Gebäude ist noch heute ein wuchtiger Bau mit meterdicken Mauern. Leider ist es durch seine tiefe Lage sehr feucht und wurde in den letzten Jahrzehnten nicht mehr bewohnt. Schon in den 30er Jahren stellte Oberlehrer Zörkler fest: Die Mauern atmen Ewigkeit, doch nicht Gemütlichkeit. Der erste Pfarrer im neuen Pfarrhof war Lukas Merker von 1662 1663, bis zum Ende des Jahrhunderts folgten ihm rasch aufeinander Bartholomäus Ignaz Schneider (bis 1666), Christoph Kirchschlager (bis 1668), Johann Julian Polon (bis 1670), Melchior Irmler (bis 1677), Laurenz Schörg (bis 1678), Johann Christoph Graß (bis 1680), Jodok Pawenstedt (1680), Friedrich Antoni (bis 1687), Johann Georg Pichler (bis 1694), Johann Ignaz Salzenbacher (bis 1697) und Ferdinand Christoph Mauchter (bis 1711). Als Schulmeister, die zugleich auch Mesner waren, wirkten in dieser Zeit nach dem 30jährigen Krieg seit 1658 Matthias Strasser, der 1668 als Hofwirth nach Kadolz übersiedelte, und dann bis 1684 Simon Franz Auer. Er hatte die Tochter des Mailberger Ratsbürgers Elias Dunkl geheiratet.
Ab 1660 sind auch die Pfarrmatrikeln und damit die Lebensdaten aller Mailberger erhalten.
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