Das Jahr 1680 brachte eine so reiche Lese und guten Wein, daß die vorhandenen Fässer nicht ausreichten und der alte Wein ausgegossen wurde, um Platz für den neuen zu bekommen. Es wurden auch wieder größere Flächen ausgesetzt, denn die Menschen waren nach den schweren Zeiten, in denen viele Häuser verödeten, wieder zuversichtlich.
Ab 1671 ist auch ein Marktsiegel bekannt. Möglicherweise erhielt es der Dorfrichter von der Malterkommende, um im Namen und Auftrag der Grundherrschaft Amtshandlungen in gewissen Bereichen durchführen zu können. Die Umschrift auf dem Siegel lautet: S. (= Sigillum) ritterlicher Markt Mailberg, das Wappenbild zeigt die bekannte Darstellung: im roten Feld ein silbernes Ordenskreuz, darüber ein quadrierter Herzschild, dessen vier Felder in Grün und Silber gehalten sind und je zwei zueinander gekehrte Schimmel in Grün und Silber zeigen.
Das 18. Jh. begann für Österreich wenig erfreulich. Im Südosten standen die Soldaten des Kaisers schon seit Jahrzehnten im Kampf mit den Türken und ab 1700 gab es einen langjährigen Krieg gegen Frankreich um das Erbe der ausgestorbenen spanischen Habsburger, der viele Mittel verschlang. Die Erträge der Bauern waren insgesamt gering, die politische Ordnung des Absolutismus und der Merkantilismus belasteten vor allem die Landbevölkerung. Das dörfliche Leben abseits der großen Welt blieb beschwerlich und beengt, die Rechte der bäuerlichen Untertanen waren eher beschnitten worden.
Der Markt Mailberg hat sich im 18. Jh. offenbar trotz widriger allgemeiner Umstände ganz gut entwickelt. Wurden zwischen 1660 und 1680 im Durchschnitt jährlich fünf Hochzeiten registriert, so waren es zwischen 1720 und 1740 jeweils 8. Durchschnittlich 16 Geburten jährlich im ersten angegebenen Zeitraum standen im 18. Jh. jeweils 20 gegenüber. Das Dorf wuchs, daran konnten auch einzelne Seuchenjahre wie 1732, 1751 und 1758/59 nichts ändern, in denen die Sterbefälle von durchschnittlich jährlich 25 sprunghaft auf jeweils über 50 anstiegen. Vom damaligen Aussehen des Ortes kann man sich eine Vorstellung durch eine einfache Zeichnung machen, die ein wandernder Handwerksbursch 1711 anfertigte. Darauf sind das Bergkirchlein mit dem charakteristischen Turm und das Schloßensemble zu erkennen. Dazwischen ducken sich eng aneinandergereiht die Häuser, unter denen man den mächtigen Pfarrhof erkennen kann.
Der bäuerliche Alltag hatte sich seit dem Mittelalter nicht verändert. Der arbeitsreich Lebensalltag blieb beschwerlich, die Felder und Weingärten waren unterschiedlich ertragreich, so daß in manchen Jahren auch Not herrschte. Viele uns heute vertraute Feldfrüchte wie Erdäpfel, Mais und Rüben waren noch nicht bekannt, ebenso die Stallfütterung des Viehs. Dessen Bestand mußte daher nach der Zeit auf der Weide klein gehalten werden, denn Winterfutter war wenig vorhanden.
Einen guten Einblick in die Mailberger Verhältnisse gibt das aus dem Jahr 1782 erhaltene herrschaftliche Grundbuch, das in einer Abschrift des damaligen Schullehrers Dominikus Peschka im Grundbuchsamt in Haugsdorf liegt. Es wurde über Auftrag des Komturs Graf Colloredo von Leopold Goldschmied, der vorher Kastner in Mailberg war, nach den alten Dokumenten verfaßt. Darin wird festgehalten, daß die Hochritterliche commenda und Herrschaft Mailberg seit alters her die Grundherrschaft sowie die Steuer- und Robothoheit über den Markt hat. Außerdem hatte sie im Rahmen der Dorfherrschaft auch die Gerichtsbarkeit inne. Sie allein hatte Macht und Fug, zu greifen, peinlich oder Bürgerlich zu richten, zu strafen und zu wandeln, d. h.: der Komtur konnte verhaften lassen, schwere und leichte Vergehen aburteilen und Strafen aussprechen.
Die Untertanen mußten von allem, was auf den Äckern geerntet wurde, hauptsächlich Getreide, Safran, Kraut und Zwiebel, den Zehent, allemal das zehente Häufel, liegen lassen, und mag die Herrschaft selbiges nach Wohlgefallen haben und einführen. Der kleine Zehent umfaßte neben Käse auch Hühner und Gänse. Geldabgaben (Pfennigdienst) mußten zu Jakobi geleistet werden, Käse war zu Pfingsten abzuliefern, Geflügel mußte zu Allerheiligen und der Hafer zu Michaeli gebracht werden.
Von allen Weingärten hatte die Herrschaft jährlich Anspruch auf den Weinzehent, d. h. auf jeden zehnten Eimer. Auswärtige, die im Mailberger Herrschaftsgebiet einen Weingarten hatten, mußten zur Lesezeit mit jeder Lesebottich, der Laith, zum Pranger auf dem Platz fahren und dort den zehendt ansagen, denselben Schätzen und beschreiben lassen. Die Mailberger selber mußten nach Abschluß der Lese den Zehent in klarem Most direkt aus den Kellern abliefern. Außerdem hatten die Malteser noch das Bergrecht, also besonderen Anteil an Weingärten, in der Altenpoint, in der Zwerchpoint, in der oberen und unteren Fösenau, im Wechselberg sowie in der Penzen und Stamschnappern.
Leider blieb der Ort auch im 18. Jh. von Beschwernissen nicht verschont. Aus dem Jahr 1718 wird eine Feuersbrunst überliefert, bei der im Pfarrhof wertvolle Bücher zugrunde gegangen sein sollen. Zehn Jahre später wütete die Brechruhr im Ort und kostete vielen Kindern das Leben. Im selben Jahr 1729 schlug der Blitz in das St. Kunigunden-Kirchlein ein und es brannte ab.
1745 wurde Anton Graf von Colloredo zu Wallsee Komtur von Mailberg. Der 1707 geborene Graf hatte unter Kaiser Karl VI. eine erfolgreiche militärische Laufbahn begonnen, die er unter Maria Theresia fortsetzte und die schließlich 1760 mit der Ernennung zum Generalfeldmarschall gekrönt wurde. Er war seit 1728 Malteser-Ordensritter von 1768 1771 auch Großmeister und starb 1785 in Wien.
Graf Colloredo nahm sich des seinerzeit unvollendeten und nun wieder etwas herabgekommenen Schlosses an und ließ es ab 1752 erneuern und umbauen. Seit damals besteht es in der uns heute bekannten Form, an die alten Bauten erinnern nur mehr die Vortürme, Reste der Befestigungsmauern und der tiefe Graben, der die ahnsehnlichen Wirtscftsgebäude umschließt. Er ließ auch einen schönen Barockgarten hinter dem Schloß anlegen mit einer Lindenalleeä die in einem Rondeau endete. Die Innenräume des Südtraktes wurden dem Geschmack der Zeit entsprechend zum Teil barock für herrschaftliche Bewohner ausgestattet.
Zu Collerodos Zeit wirkte nach einer Reihe weltlicher Geistlicher ( Franz Math 1711 1733, Gorg Löffler 1733 1737, Franz Karl Häritz 1737 1749 und Johann Heinrich Partmann 1749 1751) seit 1751 der Malteser Ordenspriester Franz Hermann Blayenk von Tayralowsky. Er war auf seinen Ordensbruder Johann Georg von Allersdorf gefolgt, der nur zwei Monate als Pfarrer geblieben war.
Wahrscheinlich spielte sein Einfluß mit eine Rolle, daß Graf Colloredo auch die an das Schloß angebaute Pfarrkirche erneuern und barockisieren ließ. Bei diesen Umbauarbeiten wurde auch der alte Michaelskarner verschlossen und ist später in Vergessenheit geraten. Erst 1904 fand man durch Zufall diese alte Krypta wieder. Damals setzte man im 1820 endgültig aufgelassenen Ordensfriedhof im Zwinger um die Kirche Obstbäume. Dabei stieß man auf eine Öffnung und stieg in die Unterkirche ein. Man fand den etwa 12 m langen und 3 m hohen Raum bis zur Hälfte mit Totengebein angefüllt. Anschließend verschloß man die Öffnung wieder mit einem Brett, schüttete Erde darauf und pflanzte ein Bäumchen. 1930 hielt Karl Grünwidl mit Pfarrer Schitowanz neuerlich Nachschau und fand alles noch unverändert. Der Zugang zu dieser Unterkirche war auch nach 1945 noch erkennbar.
1752 ließ Colloredo die Kirche mit einem neuen barocken Hochaltar ausstatten. Er ist dem Andenken an die glückliche Rettung des Großmeisters Emanuel Pinto von Fonseca vor einem Mordanschlag gewidmet und stammt vom Wiener Bildhauer Adam Pierar. Die wesentlich kostspieligeren Vergoldungsarbeiten führte der Wiener Vergolder Heinrich Puttenhammer durch. Das großflächige Altarbild zeigt Johannes den Täufer, den Ordenspatron, wie er am Ufer des Meeres steht und die in den Kampf gegen die Türken auslaufende Flotte des Ordens dem Schutz der Hl. Dreifaltigkeit empfiehlt. Oberhalb des Bildes des Kirchenpatrones sind in Stuck gearbeitete Kriegstrophäen angebracht, auf denen ein Engel sitzt, der in der Linken ein Portrait von E. Pinto hält. Das Bild malte der Wiener Künstler Josef Biedermann und bekam dafür 200 Gulden Honorar.
Die Innenausstattung der Kirche wurde mit einer Kanzel und einer 1767 angeschafften kleineren Orgel mit fünf Muntationen samt angehängetem Pedal vervollständigt.
Graf Colloredo stiftete auch die große Glocke. Sie wurde 1761 von Franz Josef Scheichel in Wien in der Leopoldstadt gegossen. Sie zeigt auf der einen Seite Reliefs von Maria und Josef, auf der anderen die Hl. Georg und Antonius. Der obere Rand trägt die Inschrift: A fulcure et tempestate libera nos domine Jesu Christe (= Vor Feuer und Sturm bewahre uns der Herr Jesus Christus) und der untere: Im Jahr MDCCLXI unter der Regierung Kaysers Francisci I. et Mariae Theresiae und Großmeisterschaft Sr. Hochfl. Eminenz Herrn Emanuelis Pinto ist diese Glocken auf Anordnung Sr. Exzellenz des Mailberger Herrn Comendatoris Grafen Antonius Colloredo gegossen worden.
Im Volk ist diese Glocke als Sauwühln bekannt. Man erzählt die Sage, sie sei einst auf dem Gebiet der abgekommenen Ortschaft Stranzendorf von Schweinen auf der sumpfigen Weide ausgewühlt und von den Mailbergern dann in ihren Ort gebracht worden. Die hübsche Geschichte entbehrt natürlich jedes Wahrheitsgehaltes, aber wenn das volltönende Geläute der Sauwühln erklingt, erfüllt es noch heute den ganzen Talkessel mit seinem geheimnisvollen Klang und kann bei günstigem Wetter bis weit ins Pulkautal gehört werden.
1769 stiftete Colloredos Nachfolger, Komtur Antonius Ernestus Graf von Trautson und zu Falkenstein eine kleine Glocke, die Speisglocke. Sie zersprang allerdings 1861 während des Läutens.
Colloredo ließ an die Kirche keinen Turm anbauen, ob ihm die Mittel schließlich dazu fehlten oder ob er andere Gründe hatte, wissen wir nicht. Erst unter Pfarrer Prack wurde nach 1795 der bestehende niedere Turm auf der Nordostecke der ursprünglichen Schloßmauer errichtet, wo die Glocken noch heute hängen.
An der Nordseite der Kirche blieb ein Teil aus älterer Zeit erhalten. In dieser Loretto-Kapelle wurden bis Ende des 18. Jh. noch Messen gelesen, später diente sie nur als Aufbewahrungsraum für verschiedene kirchliche Gerätschaften. Sie wurde schließlich 1858 retauriert, zweieinhalb Meter auf Kirchenniveau mit Erde aufgeschüttet, die Gewölbe durchbrochen und angehoben. Die alte Eingangstür vom Zwinger her wurde abgemauert und zwei neue, eine vom Seitenschiff der Kirche und die andere vom Schloßhof aus, geöffnet.
1753 hatte der Mailberger Ratsbürger und Fleischhackermeister Leopold Pangratz auf seine Kosten eine von Stain ausgehaute Statuen in honorem S. Floriani auf hiesigem Markht-Platz aufrichten lassen. Die Gemeinde verpflichtete sich, nach dem Hinscheiden des Stifters die gänzlichen Unterhaltskosten in Ewige Zeiten zu bestreiten. 1760 ließ Leopold Pangratz auch die Ölberggruppe an der Südseite der Kirche St. Kunigunde errichten.
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